Docker-järjestelmän suojaaminen sisältää useita tasoja — minimaaliset ja luotetut kuvat, ajaminen ei-root-käyttäjänä, haavoittuvuuksien skannaus, salaisuuksien hallinta, resurssien ja kyvykkyyksien rajoitukset sekä isäntä- ja daemon-kovettaminen. Konttien suojaaminen on tärkeää, koska haavoittuvuudet voivat vaikuttaa sekä konttiin että isäntäjärjestelmään.
