Indeks je zasebna, sortirana struktura podataka (B-stablo u InnoDB-u) koja omogućuje MySQL-u da pronađe retke bez skeniranja cijele tablice. Bez njega, pretraga čita svaki redak (potpuno skeniranje tablice); s njim, prolazi kroz stablo u nekoliko koraka.
Primarni nasuprot sekundarnom
U InnoDB-u sama tablica jest indeks primarnog ključa — klasterirani indeks. Retci su fizički pohranjeni redoslijedom primarnog ključa, pa pretraga po primarnom ključu slijeće izravno na cijeli redak.
