Docker apsaugojimas apima kelis sluoksnius — minimalias ir patikimas atvaizdes, paleistą ne kaip root, pažeidžiamumų nuskenavimą, slaptųjų duomenų valdymą, išteklių ir galimybių ribojimus ir šeimininko/demono sustiprinimą. Konteinerio saugumas yra svarbus, nes pažeidžiamumai gali paveikti tiek konteinerį, tiek šeimininką.
