Zabezpieczanie Docker'a obejmuje wiele warstw — minimalne i zaufane obrazy, uruchamianie jako non-root, skanowanie podatności, zarządzanie sekretami, ograniczenia zasobów i możliwości oraz wzmocnienie hosta/demona. Bezpieczeństwo kontenera jest ważne, ponieważ podatności mogą wpłynąć zarówno na kontener, jak i na host.
