Varovanje Docker-ja vključuje več plasti — minimalne in zaupanja vredne slike, zagon kot ne-root uporabnik, skeniranje ranljivosti, upravljanje skrivnosti, omejitve virov in zmožnosti ter utrjevanje gostitelja/daemona. Varnost kontejnerja je pomembna, ker ranljivosti lahko vplivajo tako na kontejner kot na gostitelja.
