Indeks je ločena, urejena podatkovna struktura (v InnoDB B-drevo), ki MySQL omogoča iskanje vrstic brez pregledovanja celotne tabele. Brez njega poizvedba prebere vsako vrstico (popolno pregledovanje tabele); z njim se sprehodi po drevesu v nekaj korakih.
Primarni v primerjavi s sekundarnim
V InnoDB tabela sama je indeks primarnega ključa — gručasti indeks (clustered index). Vrstice so fizično shranjene v vrstnem redu primarnega ključa, zato iskanje po primarnem ključu pristane neposredno na celotni vrstici.
