Një indeks është një strukturë të dhënash e veçantë dhe e renditur (një B-tree në InnoDB) që i lejon MySQL të gjejë rreshta pa skanuar të gjithë tabelën. Pa të, një kërkim lexon çdo rresht (një full table scan); me të, ecën në një pemë në disa hapa.
Primary kundrejt secondary
Në InnoDB vetë tabela është indeksi i primary key — një clustered index. Rreshtat ruhen fizikisht në rendin e primary key, kështu që kërkimi me primary key bie drejtpërdrejt te rreshti i plotë.
