Nad rámec základních stádií nabízí agregační framework MongoDB vícevrstevné pokročilé funkce — $facet (více potrubí najednou), $bucket (seskupování do rozsahů), funkcí v okně ($setWindowFields), $graphLookup (rekurzivní/grafové dotazy) a další — pro sofistikovanou analýzu a zpracování dat.
